《為巴比祈禱》這部電影主軸在於關注同性戀議題，並探討在美國社會「信仰」是如何影響人們對性傾向的價值觀。此片以真實故事改編，讓人省思宗教的合理性及社會恐同症問題。片中的男主角後來發現自己是同性戀，但不敢與家人，尤其是母親說，因為其母親是位虔誠的基督教徒，主角從小受到家庭的影響被教導「同性戀」是犯罪、邪惡，是上帝所不容許的，原因來自聖經裡的經文解釋。
但是，「聖經」裡的意思真的就是如此嗎？如果說「上帝愛世人」，為何卻不願愛同性戀者？導演試圖利用辯證關係對聖經裡的詮釋提出疑問，但過程卻是衝撞、傷害的，似乎一個生命的犧牲才能喚起更多人對宗教、價值觀的反思。
一個議題的討論，背後通常帶有更大的因素作用，可能是受到社會、文化、宗教等影響。「同性戀」議題正是如此，從表面上看來只是性向問題，人們的價值觀卻深深受到世俗價值觀「宗教」的束縛，導演在此選擇以「基督教」為出發點探討。
